تمامی انبارهای این شرکت در مساحتی بالغ بر هشت میلیون مترمربع به تجهیزات سیستم اعلام‌حریق و دوربین‌های مداربسته مجهز بوده و شرکت‌ها و شعب وابسته نیز برای پیشگیری از آتش‌سوزی‌ها و سایر خطرات احتمالی دارای نیروها و کارشناسان ورزیده و آموزش‌دیده و تجهیزات ایمنی و حفاظتی مدرن و پیشرفته آتش‌نشانی مانند سیستم‌های آبرسانی، شیرهای هیدارنت و کپسول‌های آتش نشانی هستند.
در ضمن، تمامی کالاهای رسیده به انبار بر اساس ماده 25 قانون امور گمرکی، از زمان ورود تا هنگام خروج به موجب بیمه‌نامه منعقد شده با یک شرکت بیمه معتبر، تحت پوشش است تا صاحب کالا از حیث خسارت‌های احتمالی ناشی از آتش‌سوزی، انفجار و صاعقه دغدغه‌ای نداشته باشد. البته کالاهای آتش‌زا و خطرناک در انبارهای ویژه نگهداری می‌شوند. همچنین تمامی انبارها از شرایط بسیار مطمئن حفاظت و ایمنی برخوردار بوده و تمامی مراحل فرآیند ثبت ورود و خروج کالا به وسیله رایانه انجام می‌گیرد.
رعایت استانداردهای ایمنی و بهداشتی برای کالاهای فاسد شدنی و مواد غذایی با استفاده از آزمایشگاه‌های مجهز، مراعات اصول صحیح صفافی و اختصاص هر انبار به کالای معین با رعایت نکات فنی و فاصله‌های لازم برای دسترسی راحت و سریع به آنها، موارد ایمنی دیگری است که کیفیت بیشتری به ارایه خدمات شرکت انبارهای عمومی و خدمات گمرکی می‌بخشد.
علاوه بر بیمه تمامی کالاها از زمان ورود به شرکت تا هنگام خروج آنها در مقابل حریق از سوی شرکت‌های معتبر بیمه، مراقبت 24 ساعته از آنها با بهره‌گیری از توان پرسنل ورزیده و مجرب در امر حفاظت، شرایط ایمنی مطلوب‌تری را برای اطمینان بیشتر مشتریان فراهم آورده است.