شرکت انبارهای عمومی و خدمات گمرکی ایران در برخی از شعب و شرکت‌های تابعه مانند غرب تهران، شهریار تهران، سهلان تبریز و یزد، تعدادی از انبارها را حسب نیاز و درخواست مشتریان به بخش غیرگمرکی اختصاص داده که با انعقاد قرارداد، انبار را به صورت اجاره در اختیار امانت‌داران قرار می‌دهد. بر این مبنا، توسعه انبارهای غیرگمرکی و ارایه خدمات مرتبط با این حوزه همواره از اولویت‌های این شرکت بوده است.
در چارچوب این قرارداد، شرکت برای کالاهای رسیده به انبار، قبض انبار و برگ وثیقه برای مالک کالا صادر می‌کند که این قبوض و برگه وثیقه، قابل نقل و انتقال بوده و صاحب کالا می‌تواند با ظهرنویسی برگ وثیقه، مال خود را به دیگری واگذار کند.
همچنین در بخش غیرگمرکی به موجب آیین‌نامه مصوب شرکت، علاوه بر اعمال تمهیدات ایمنی، حفاظتی و حراستی دقیق، کالاهای رسیده به انبار در این بخش از زمان ورود تا خروج کالا از انبار در مقابل تمامی خطراتی که کالای مشتریان را تهدید می‌کند، بیمه می‌شوند.